PAC-3 MSE работает по принципу hit-to-kill, который подразумевает поражение цели прямым ударом. Также ракета несет небольшую боевую часть с поражающими элементами, которую называют «усилителем летальности». Отмечается, что PAC-3 может перехватывать баллистические ракеты.